- 1922年7月~1977年1月まで、克明な日記を大学ノート123冊に書いた。
- 日々の記録、交友関係、考えたことだけではなく、本、美術、演劇、音楽の感想、詩、スケッチ、民族学調査記録などが詳細に記録されている。
- 1943年に発行された『流木』は日記をもとに編集されたもの。
- 執筆依頼、取材を受けた際には、自身の日記を振り返ってまとめている。
- 1986年7月、ミクロネシア関連の資料、ノートとともに日記122冊は、国立民族学博物館に寄贈された(その後、アーカイブ化された)。
- 2010年~2014年、日記の31冊目までが、『土方久功日記Ⅰ~Ⅴ』として翻刻・公刊された(編集:須藤健一、清水久夫、国立民族学博物館発行)。